Trước khi bước vào trận chiến sinh tử, Hokage Đệ Nhị đã truyền ngôi Hokage lại cho Sarutobi Hiruzen, học trò xuất sắc nhất của mình (vốn là đệ tử được cả Hokage Đệ Nhất dạy dỗ). Hokage Đệ Tam là một người thấm nhuần tư tưởng hòa bình của ngài Đệ Nhất. Ông luôn chăm chút cho thế hệ mai sau và muốn phát triển làng theo con đường ít đổ máu nhất, và luôn tin rằng thế hệ sau sẽ làm tốt hơn thế hệ trước. Ông là Hokage lãnh đạo làng trong khoảng thời gian dài nhất và ý chí của ông đã được truyền qua nhiều thế hệ (Jiraiya, Tsunade, Minato, Itachi, Asuma, Kakashi, Iruka, Shikamaru, Naruto,...). Làng Lá đã có những bước phát triển vững chắc trong thời kỳ Đệ Tam nắm quyền. Ngoài ra, ông còn là một ninja rất mạnh, thông thạo tất cả các thuật của Làng Lá và có biệt hiệu là "Giáo sư", là Kage mạnh nhất trong Ngũ Đại Kage đương thời. Ông là thầy của Tam Nin (Sannin) huyền thoại Làng Lá: Orochimaru - Jiraiya - Tsunade. Ông có khả năng điều khiển cả năm loại thuộc tính chakra và chưa bao giờ thua trong một cuộc đấu nào. Cùng với Lục đạo chân nhân và thầy mình Hokage Đệ Nhất, Đệ Tam được mệnh danh là "Vị thần của các Ninja".

Nhận thấy Jiraiya và Tsunade không có ý định làm Hokage, và có lẽ tính cách của họ lúc đó cũng không phù hợp, còn Orochimaru thì bản tính quá độc ác. Sau khi Đại chiến ninja lần 3 kết thúc, Đệ Tam đã quyết định trao lại ngôi Hokage cho chàng trai trẻ Minato, người có công rất lớn trong cuộc chiến. Orochimaru vẫn luôn hậm hực chuyện Đệ Tam không nhường lại ngôi Hokage cho mình. Sau khi Đệ Tứ hi sinh để phong ấn Cửu Vĩ, Đệ Tam quay lại nắm quyền Hokage lần hai. Orochimaru phát động kế hoạch hủy diệt Làng Lá của hắn. Hắn cô lập Đệ Tam và đã dùng Tạp Giới Chuyển Sinh (cấm thuật của Đệ Nhị) hồi sinh ngài Đệ Nhất và ngài Đệ Nhị lên đánh nhau với Đệ Tam. Đệ Tam cùng khỉ vương Enma (linh thú triệu hồi của ông) vẫn đủ sức cầm chân được Orochimaru cùng hai vị Hokage, tuy nhiên gánh nặng tuổi tác khiến Đệ Tam không cầm cự được lâu. Ông đành hi sinh thân mình dùng cấm thuật Phong Quỷ Thi Tận nổi danh của tộc Uzumaki mà Đệ Tứ từng sử dụng ngày trước trong cuộc chiến với Cửu Vĩ để phong ấn hai người thầy vĩ đại của mình lại, nhưng sức lực của ông không còn đủ để phong ấn Orochimaru. Tuy nhiên ông cũng đã kịp phong ấn đôi tay của hắn khiến hắn không thể thi triển bất kỳ loại thuật nào nữa. Chính Orochimaru phải thừa nhận nếu Đệ Tam trẻ hơn 10 tuổi thì chắc hắn đã mất mạng chỉ trong gang tấc.